Un jour, un vaisseau-mère et sa flotte maritime avec une technologie militaire ultra-avancée, sont apparus partout dans le monde. Incapable de tenir tête à ce nouvel ennemi, l’humanité a dû capituler.

17 ans après la Grande Bataille, Gunzo Chihaya et ses coéquipiers peuvent enfin s’opposer à l’ennemi grâce à leur bateau de combat I-401 qui possède une entité psychique matérialisée sous l’apparence d’une jeune fille, Iona.