Lors d'un voyage scolaire à Taiwan, une lycéenne, Shio Ogura se retrouve mêlée à une attaque surprise de monstres appelés "Evolved Invaders". Contre ces monstres, l'armée est inefficace, les agents "E-Gene Holder" doivent donc intervenir. Ces agents font partie de l'organisation gouvernementale "DOGOO". Grâce à l'aide d'une certaine technologie, ces agents manient des armes ayant fusionnés avec les esprits de grands personnages historiques comme Gandhi ou Newton. Lorsque son amie se retrouve en danger, Shio se retrouve capable de manier une arme contenant l'esprit de Oda Nobunaga.