Lors d'un voyage scolaire à Taiwan, une lycéenne, Shio Ogura se retrouve mêlée à une attaque surprise de monstres appelés "Evolved Invaders". Contre ces monstres, l'armée est inefficace, les agents "E-Gene Holder" doivent donc intervenir. Ces agents font partie de l'organisation gouvernementale "DOGOO". Grâce à l'aide d'une certaine technologie, ces agents manient des armes ayant fusionnés avec les esprits de grands personnages historiques comme Gandhi ou Newton. Lorsque son amie se retrouve en danger, Shio se retrouve capable de manier une arme contenant l'esprit de Oda Nobunaga.

L’histoire nous entraîne au côté d’un jeune prince, qui a tout perdu à cause de la guerre, et d’une jeune fille qui est devenue le symbole de cette révolution.

L’ancien prince, rebaptisé Karueru, est élevé dans un orphelinat puis devient aviateur.

Il se lance dans un voyage pour découvrir les extrémités des cieux. Et sur l’île de Isura, Karueru se lie d’amitié avec une fille du nom de Claire.

Un jour, un vaisseau-mère et sa flotte maritime avec une technologie militaire ultra-avancée, sont apparus partout dans le monde. Incapable de tenir tête à ce nouvel ennemi, l’humanité a dû capituler.

17 ans après la Grande Bataille, Gunzo Chihaya et ses coéquipiers peuvent enfin s’opposer à l’ennemi grâce à leur bateau de combat I-401 qui possède une entité psychique matérialisée sous l’apparence d’une jeune fille, Iona.

L'histoire se déroule dans un monde semblable au notre, à un détail près : dans la ville de Kyoto, trois espèces coexistent. Les Humains, les Tengus et les Tanukis vivent les uns à côté des autres sans trop de problèmes, jusqu'au jour où le chef du clan Tanuki est assassiné !
L'un de ses fils, Yasaburô Shimogamo, accompagné de ses amis, va tout faire pour découvrir la vérité derrière cet assassinat.